南明與明鄭

　　弘光帝死后，魯王朱以海于浙江紹興監國;而唐王朱聿鍵在鄭芝龍等人的擁立下，于福建福州稱帝，即隆武帝。然而這兩個南明主要勢力互不承認彼此地位而互相攻打。1651年在舟山群島淪陷后，魯王朱以海在張名振、張煌言陪同下，赴廈門依靠鄭成功，不久病死在金門。隆武帝屢議出師北伐，然而得不到鄭芝龍的支持而終無所成。1646年，清軍分別占領浙江與福建，魯王朱以海逃亡海上，隆武帝于汀州逃往江西時被俘而死。鄭芝龍向清軍投降，由于其子鄭成功起兵反清而被清廷囚禁。朱聿鍵死后，其弟在廣州受蘇觀生及廣東布政司顧元鏡擁立稱帝，即紹武帝，于同年年底被清將李成棟攻滅。同時間桂王朱由榔于廣東肇慶稱帝，即永歷帝。

　　1646年永歷帝獲得瞿式耜、張獻忠余部李定國、孫可望等勢力以及福建鄭成功勢力 的支援之下展開反攻。同時各地降清的原明軍將領先后反正，例如1648年江西金聲桓、廣東李成棟、廣西耿獻忠與楊有光率部反正，一時之間南明收服華南各省。然而于同年，清將尚可喜率軍再度入侵，先后占領湖南、廣東等地。兩年后，李定國、孫可望與鄭成功發動第二次反攻，其中鄭成功一度包圍南京。然而，最后因為距離互相難以照應，內部又發生孫可望等人的叛變而節節敗退。1661年，清軍三路攻入云南，永歷帝流亡緬甸首都曼德勒，被緬甸王莽達收留。后吳三桂攻入緬甸，莽達之弟莽白乘機發動政變，殺死其兄后繼8月12日，莽白發動咒水之難，殺盡永歷帝侍從近衛，永歷帝最后被吳三桂以弓弦絞死，南明亡。

　　此時反清勢力只剩夔東十三家軍與在金廈的鄭成功(史稱明鄭)。李自成余部在湖南抗清失敗后，轉移到川、鄂山區進行活動，在夔州府以東地區繼續抗清，稱為夔東十三家軍。1662年清軍開始攻打之，到1664年首領李來亨被殺而亡。鄭成功在南京之戰失敗后退回金廈，于1661年率軍遠征荷蘭人占據的中國臺灣島成功，明鄭領有中國臺灣，定都東寧(今中國臺灣臺南)。其子鄭經曾參與三藩之亂，率軍參與反攻失利。1683年，清朝康熙帝命施瑯為水師提督進攻中國臺灣。施瑯大敗劉國軒攻克澎湖，給中國臺灣造成極大軍事壓力，結果鄭克塽剃發降清，明朝監國寧靖王朱術桂攜五妃自殺殉國，明朝最后一股抗清勢力覆滅。