新課程結構應體現均衡性、綜合性、選擇性
基礎教育課程改革中一個關鍵環節是構建一個全新的課程結構，以適應未來人才需要的培養目標。值得慶幸的是，在新一輪基礎教育課程改革中，課程結構的改革取得了突破性進展，改變了原課程結構過于強調學科本位、科目過多和缺乏整合的現狀，按照九年一貫整體設計課程門類和課時比例，設置綜合課程，以適應不同地區和學生發展的需求。這些是值得注意的變化。我國現行中小學課程由于門類過多，強調學科本位，課程內容缺乏整合，從而導致課程內容繁、難、多、舊，加重了學生的課業負擔。新一輪基礎教育課程改革，減少了學科門類，對具體科目之間的比重進行了調整，在保持傳統學科的同時，加強了旨在養成學生科學素養和實用技能學科的地位，使科學、綜合實踐等學科的比重呈上升趨勢，并將課程的設置與管理分為三級，形成了國家、地方、學校三級課程并行的課程結構，體現出課程的均衡性、綜合性、選擇性。
長期以來，我國基礎教育課程中的語文、數學等傳統科目占據了較大比重，而且沒有綜合課程的科目。新課程計劃分別將語文所占的比重由原來的24%降為20%至22%，將數學所占比重由原來的16%降為13%至5%，并對其他傳統科目所占的比重進行了適當的下調。將下調后積累下來的課時量分配給綜合實踐活動和地方課程，使綜合實踐活動有了6%至8%的課時，地方和學校課程有了10%至12%的課時。顯然，這種課程科目比重關系的調整，折射出基礎教育課程改革把培養和發展學生的創新精神和實踐能力、收集和處理信息的能力、分析與解決問題的能力、交流與合作的能力以及對自然環境和人類社會的責任感、使命感放在了重要位置，這樣的課程結構，對于提高學生的整體素質，促進學生和諧全面發展將帶來深遠影響。
如何實現課程的綜合性？此次課程改革在改革現行分科課程的基礎上，設置了以分科為主，包含綜合課程和綜合實踐活動的課程。小學階段以綜合課程為主，初中階段設置分科與綜合相結合的課程，高中以分科課程為主。同時，從小學到高中設置綜合實踐活動為必修課。
社會需求應當是課程設計的根本依據，而社會需求在同一時期的不同地區可能有很大差異。因此，課程的選擇性是針對地方、學校與學生的差異提出的，課程要適應地區間經濟文化的差異，就必須要具有一定的彈性。為此，新一輪課程實行“國家、地方、學校”三級管理，給地方和學校開發課程留有余地。同時，明確規定了必修課和選修課的比例，使課程從整齊劃一走向了多樣化，保證學生有機會自主選擇和決定學習內容，給學生充分發展留有時間和空間，有利于調動地方和學校的積極性，使學校辦學更有特色，學生發展更有特長。