瀾滄江縱貫昌都地區中部。在昌都以上，分為兩支。一支稱扎曲，另一支稱昂曲。其中扎曲較長，為瀾滄江的正源，發源于青海省雜多縣境內。昂曲為其支流，他們在昌都鎮匯合后稱瀾滄江。瀾滄江自青海雜多縣進入昌都縣，流經察雅、左貢和芒康等縣，在鹽井南面進入云南，然后出國境，稱湄公河。瀾滄江在昌都境內長約490km，江面海拔3500～2160m，落差1340m，流域面積3.8萬km2，年平均流量為472.5m2/s，年徑流量149.億m3（昌都間）。河谷地貌特征可以察雅縣卡貢附近的色曲匯口分為上下兩段，上段為峽谷為主的寬窄相間河谷段，下段為深切峽谷段。

　　色曲匯口以上河段，從昌都與玉樹交界處至色曲匯口，河長223km，峽谷段河寬一般70～80m左右，寬谷100m左右，河流一般切入基巖，江面海拔3500～3050m。河流切割深度在1000m以下，河谷坡一般為25～30°，峽谷段河床單一，階地不發育。在石灰巖地區河谷谷坡較陡（30°左右），且相對穩定，但較為險峻。如昌都縣溫達貢（翁達）北面的達古拉峽谷。在支流匯入處或受地質構造、巖性的影響，河谷局部較寬有階地發育，為昌都地區農田、村鎮、道路分布在區。如昌都鎮位于兩河匯口的階地上，該段河谷寬為1～1.5km，匯口處有8級階地，其中最高的一級階地，高出河面180m。在達古拉峽谷以上（江面海拔3450m以上），河谷相對寬緩，在子曲河口以上和嘎瑪鄉附近河谷寬達1.5～2km，谷坡較緩，河床較寬，有心灘、邊灘發育，階地相對高度較小，一般在20m以下。

　　色曲匯口以下深切河段，河長267km，海拔高度3050～2160m（最低點位于芒康與德欽交界的雄弄九匯口）。該段河流切割深度為1000～2000m，其中南部可達2500m左右。河流深切基巖，由于基巖巖性差異，相對緊硬的高傾角巖層在河床中形成縱向和橫向巖墻，從而形成急流險灘。峽谷坡陡峻，一般在30°左右，有些河段谷中谷現象明顯，河谷上部為較緩的“V”形谷，下部呈陡峻的嶂谷形態。谷坡不穩定，常見崩塌、滑坡和泥石流。河床中多急流、險灘，絕大部分地段河床即為谷底。在支溝匯入處常形成滑坡泥石流扇臺地發育，形成峽谷中局部階地。如鹽井所在地即是最大的臺地，最寬達2km左右，臺地前緣高出河面約300m。