曉出凈慈寺送林子方
紹興三十二年(公元1162年)六月,高宗趙構遜位,南宋政局發生重大變化。孝宗即位,銳意恢復,起用張浚為樞密使,不久又任其為相。隆興元年(1163)秋,楊萬里離零陵任,赴調至臨安。因張浚推薦，除臨安府教授。未及赴任,就因父病,而于二年正月西歸吉水。八月四日,父病故,在家守服,"三年,戶不閉而無客氣《送王才臣赴秋試序》)。
乾道三年(公元1167年)春,楊萬里至臨安,先后渴見副樞密使陳俊卿和樞毯使虞允文,上政論《千慮策》。《千慮策》分“君道”、“國勢”、“治原”、“人才”、“論相”、“論將”、“論兵”、“馭吏”、“選法”、“刑法”、“冗官”、“民政”共30篇,深刻總結了靖康之難以來的歷史教訓,直率批評了朝廷的腐敗無能,提出了一整套振興國家的方針策略,充分顯示了楊萬里的政治才能。虞允文讀后贊嘆說:“東南乃有此人物!某初除,合薦兩人,當以此人為首。”(《鶴林玉露》乙編卷4)
乾道六年(公元1170年),楊萬里除隆興府奉新縣知縣。恰值奉新大旱,百姓生活十分困苦。楊萬里于四月二十六日上任,見牢中關滿交不起租稅的百姓,官署-府庫卻依然空虛,深知是群吏中間盤剝所致。于是他下令,全部放還牢里的“囚犯”,并禁止逮捕、鞭打百姓,然后發給每戶一紙通知,放寬其稅額、期限。結果百姓紛紛自動前來納稅,不出一月,欠稅全部交清。奉新任職雖只半年,卻初次實踐了他的不擾民政治,頗獲治績。
同年十月,因右相虞允文推薦,楊萬里除國子博士,楊萬里開始作京宮。次年,張拭由于反對侯幸近習執掌要職得罪虞允文而被擠出知袁州,楊萬里抗章力爭張拭不當去位,又致書虞允文,以正理相規勸,公而忘私,深為世人稱道。七月,轉太常博士;八年丸丹,升太常侍兼權吏都右侍郎官;九年四月,轉將作少監。淳熙元年(1174)正月,除知漳州,臨行時不忘上札,忠告皇帝戒貪吏、施廉吏。后因病未赴任,家居三年。淳熙四年春,出知常州。
淳熙六年(公元1179年)正月,除提舉廣東常平茶鹽公事。楊萬里于二月攜家離開常州,待次近一年,七年正月離吉水赴任廣東。八年二月,改任廣東提點刑獄。冬,閩“盜”沈師進入梅州,他率兵平定,被孝宗稱為“仁者之勇”，賜直秘閣。九年七月繼母去世,離任服喪。
淳熙十一年(公元1184年)十月服除,被召人京任尚書右郎,后任吏部員外郎。十二年五月,除吏部郎中,應詔上書,極論時事。塞相王淮問“宰相何事最急先務”,楊萬里以“人才最急先務”為答,并條上《薦士錄》,舉薦朱蕉等六十人,都是正人端士。孝宗親耀他為太子侍讀,太子為題“誠齋”二字。淳熙十三年,轉樞密院檢詳宮,歷任尚書省右司郎中、左司郎中,仍兼東宮侍讀宮。十四年十月,任秘書少監。十五年三月,孝宗昕納翰林學士洪邁之議，以呂頤浩等人配饗高宗廟祀。楊萬里力爭主戰名將張浚當配饗,指斥洪邁不俟集議、專輒獨斷,無異“指鹿為馬”，惹惱孝宗:“萬里以聯為何如主?”因而削去直秘閣,出知絹州(今江西高安)。
十六年(公元1189年〉二月,光宗受禪。楊萬里五月復直秘閣,八月被召,九月人京。他連上三札,要求光宗愛護人才,防止*佞做到“一日勤,二日儉,三日斷,囚日親君子,五曰獎直言”(《第三札子》)。十月,除秘書監。因紹熙改元,借煥章閣學士充接伴金國賀正旦使使,兼實錄院檢討官。